3 năm trước, Alonso từng là huấn luyện viên trưởng của Leverkusen.
Vào ngày 5 tháng 10 năm 2022, Leverkusen đã bổ nhiệm Alonso làm huấn luyện viên trưởng của đội. Alonso đã dẫn dắt đội với 89 chiến thắng, 32 trận hòa và 19 trận thua trong quá trình huấn luyện của anh ấy tại Leverkusen từ năm 2022 đến năm 2025. Vào mùa giải 2023-2024, Leverkusen đã trở thành đội đầu tiên trong lịch sử giành chức vô địch Bundesliga với thành tích bất bại.
Alonso rời vị trí huấn luyện viên của Leverkusen vào mùa hè này và tiếp quản Real Madrid. Anh ấy đã dẫn đầu đội cho đến nay với thành tích 13 chiến thắng, 1 trận hòa và 2 trận thua.
